С первых дней оккупации Крыма захватчики начали проводить зачистку полуострова от мирного населения. На полуострове создавались концентрационные и пересыльные лагеря и тюрьмы. За годы оккупации Крыма было убито 130 тысяч человек, 85 тысяч - угнаны в рабство. В Крыму действовало несколько десятков концентрационных, исправительных, фильтрационных и пересыльных лагерей, тюрем. Два самых крупных находились в Симферополе. Неподалеку от железнодорожной станции размещался пересыльный лагерь для военнопленных – "картофельный городок", названный так из-за расположения в районе бывшей овощной базы.
Считается, что через него прошло более 100 тысяч человек – в основном военные, попавшие в плен при взятии Крыма и Севастополя. Самым кровавым в истории полуострова стал лагерь, созданный оккупационными войсками у совхоза "Красный", который ранее находился за пределами Симферополя. По разным данным, число замученных в лагере крымчан достигает от 8 до 15 тысяч человек, включая женщин и детей, в том числе грудных.
В период оккупации Крымской АССР, которая продлилась с 1 ноября 1941 и по 12 мая 1944 года, противник практически полностью разрушил Керчь и Севастополь, уничтожил большинство промышленных и гражданских объектов полуострова: сожгли 168 деревень, почти 30 тысяч жилых домов, 300 промышленных предприятий, в т. ч. металлургический завод им. Войкова в Керчи, Камыш-Бурунский железорудный комбинат, Керченскую и Феодосийскую табачные фабрики. Было уничтожено почти 10 тысяч га садов и виноградников, вывезено в Германию свыше 127 тысяч голов крупного рогатого скота, 86,4 тысячи свиней, 898,6 тысячи овец и коз. Общий материальный ущерб, причиненный хозяйству Крыма, составил более 20 млрд рублей (в ценах 1945 года).
Ответом на оккупационный террор стало движение сопротивления местного населения. Партизанское подполье в Крыму готовили ещё до оккупации гитлеровскими войсками, в местах предполагаемой дислокации партизан закладывали склады оружия, боеприпасов, продовольствия и обмундирования. С 1941 по 1944 год на территории Крыма действовало более 60 партизанских отрядов, которые включали в себя почти 12 тысяч человек. За годы войны они провели 252 боя с фашистами, полторы с лишним тысячи диверсий и боевых операции, пустили под откос 80 железнодорожных составов, два бронепоезда, уничтожили до 30 тысяч солдат противника и полицаев, подбили 13 танков, несколько бронеавтомобилей, вывели из строя две сотни орудий, и две тысячи автомашин.
Лес укрывал и кормил партизан. Чтобы обезопасить себя от партизанских операций немцы вдоль всего шоссе от Симферополя до Алушты вырубили лес по обе стороны на расстояние, предупреждающее внезапность нападения. Борясь с партизанскими отрядами, вражеские войска часто просто поджигали большие участки леса. Так были вырублены и сожжены тысячи гектаров леса.
В Крымском заповеднике, лес сплошь был вырублен на 40 гектарах, частично - на 135. Еще на 1504 гектарах он был уничтожен пожарами. Кроме того, у немцев существовал специальный лесной трест, который занимался заготовкой крымского леса для вывоза в Германию.
